1. เสียค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานค่อนข้างสูง เพราะมีอัตราค่าขนส่งสินค้าสูงกว่าอัตราค่าขนส่งประเภทอื่นๆ

     2. การขนส่งขึ้นอยู่กับสภาพภูมิอากาศ ทำให้เป็นอุปสรรคต่อการขนส่ง หากสภาพภูมิอากาศไม่เอื้ออำนวย

     3. แม้การขนส่งทางอากาศจะสะดวกและรวดเร็วเพียงใด แต่ต้องใช้จ่ายเชื้อเพลิงสูง

     4. ในการขนส่งสินค้ามีขีดจำกัด ในเรื่องของประเภทสินค้า เพราะสินค้าบางประเภทไม่เหมาะที่จะขนส่งไปทางอากาศ

     5. เกิดอุบัติเหตุได้ง่ายกว่าการขนส่งทางอื่น และอันตรายมากที่สุด